Evidemment, la première question qui nous vient à l'esprit lorsque l'on découvre le  Centre est : comment la sécurité d'une organisation d'une telle ampleur qui accueille secrètement en son sein des mutants peut-elle être maintenue ? Après presque 50 ans d'existence, la sécurité des mutants est toujours au cœur des préoccupations du Centre qui ne cesse d'innover dans le domaine.

Pour ce faire, le Centre engage des mutants pour veiller exclusivement sur la sécurité de l'ensemble de la communauté et plus particulièrement sur les apprentis qui ne contrôlent pas encore leurs dons. Ces employés sont nommés agents spéciaux et sont des mutants surentraînés, qui maîtrisent parfaitement leurs dons et qui suivent pendant 2 ans une formation poussée au cours de laquelle ils apprendront tout ce qu'il leur sera nécessaire pour veiller sur leurs congénères. Les agents spéciaux interviennent à différents niveaux. Certains, nommés Sentinelles, surveillent l'ensemble des mutants grâce à un logiciel qui fonctionne selon un algorithme qui géo localise toutes les personnes porteuses du gêne mutant. Il y a ensuite des Recruteurs chargés d'aller chercher les nouveaux mutants dès que ceux-ci sont découverts par les Sentinelles. L'équipe d'intervention du Centre nommée Squad intervient uniquement en cas d'absolue nécessité, pour neutraliser tout individu menaçant la sécurité de la communauté. Il y a également des Nettoyeurs qui se chargent de nettoyer les lieux où des incidents se sont produits et d'effacer toutes traces des mutants dont l'humanité pourrait avoir connaissance. Les Nettoyeurs fonctionnent de paires avec les Amnésistes qui se chargent d'effacer la mémoire des humains lorsque cela est nécessaire. Des agents de sécurité contrôlent les bâtiment du Centre afin d'éviter toute intrusion non désirée.

En dehors des agents spéciaux du Centre, les apprentis mutants sont encadrés pour tenter d'éviter au maximum les incidents. Ainsi, les apprentis mutants mineurs sont obligés de respecter un couvre-feu et sont contraints de rejoindre leur logement avant minuit tous les soirs. Mais ceux qui subissent le plus la surveillance rapprochée du Centre sont les mutants dangereux. Globalement, ils ont les même contraintes que les mutants des autres groupes à l'exception d'une : lorsqu'un nouveau mutant dangereux arrive au Centre, on lui pose un bracelet (qu'il ne peut retirer) qui diminue l'intensité de son don et évite tout déclenchement à cause d'une émotion forte (positive ou négative). L'apprenti mutant est chargé de porter ce bracelet jusqu'à ce qu'il obtienne un niveau de contrôle au moins égal à 2/5 (voir fiches de dons pour mieux comprendre), une fois un niveau de contrôle suffisant atteint le bracelet se désactive de lui-même et le mutant peut le retirer.

Lorsqu'un mutant apprenti ou non et membre du groupe dangereux ou non, commet un délit ou un débordement à cause de son don, le Centre le punit en lui mettant un bracelet qui diminuera la puissance de son don pendant un temps d'observation. Lorsque le mutant est jugé apte à user de nouveau de son don sans mettre quiconque en danger, le bracelet peut être retiré. Si le mutant récidive ou commet un crime, le Centre lui imposera alors un bracelet d'annihilation qui bloquera totalement toute utilisation de son don, pendant un temps donné ou à vie en fonction de la gravité de ses actes et de la décision du Grand Conseil du Centre. Le Centre dispose également de cellules d'isolement, capables de contenir n'importe quel mutant à l'intérieur, l'empêchant de faire du mal à qui que ce soit.